明治元年に山下門（現在の帝国ホテルのあたり）に兵隊仮病院が設けられました。後に数多く設立される陸軍病院の最初のものであり、国立国際医療研究センターの前身です。そのころの我が国は戊辰戦争中であり、その傷病軍人を診療するため、同様の仮病院が各所に設けられました。
半蔵門の近くの麹町元山王の三宅氏（田原藩）の上屋敷跡に陸軍本病院が建てられました。現在の国立劇場、最高裁判所のあたりです。写真は、明治7年に竣工した管理棟です。和洋折衷建築であり、明治23年に発行された東京名所図絵にも掲載される趣のある建物でした。
明治の文豪、森鴎外はこの頃に軍医として勤務しました。後の軍医学校長時代に使用していた机が資料展示室で公開しています。
明治時代の大きな2つの戦争、日清戦争と日露戦争では、予備病院を開設し、多数の傷病軍人の治療を行いました。日露戦争時の最も多かった時期には13,294名もの患者を収容しました。写真は当時の病棟です。
我が国初のレントゲン設備が導入されたのもこの頃です。その後、昭和4年に現在の地、新宿区戸山町に移転します。
太平洋戦争終結後、国立東京第一病院と改称し、広く一般国民に対する医療の普及と向上を目指すことになり、新たに小児科、産婦人科を開設するなど、総合病院としての体裁が急速に整えられていきました。
全国に先駆けた取り組みが次々と行われました。ビキニ水爆被災患者（第5福竜丸乗組員の方々）が入院されたのはこのころです。後に寄贈された模型は現在も資料展示室で公開しています。
「"がん"に対してのがんセンターがあるように、"がん"以外のすべての疾患のために国立医療センターを設立したい」
当時の病院長、市川篤二の思いが実り、昭和40年10月に国立医療センター設立準備委員会が発足しました。
当時としては画期的な設立計画案が示されました。
しかし、大学紛争およびオイルショックの影響で計画は遅れ、国立病院医療センターとして発足したのは昭和49年でした。現在では珍しくありませんが、医療機関では我が国初となる、近代的な高層建築の病棟が建てられました。
残留日本兵の横井庄一氏および小野田寛郎氏が帰国後に入院されたのはこの頃です。名実ともに我が国を代表する医療機関として発展していきました。
現在の国立国際医療研究センターの組織が形作られていきます。平成5年、国立療養所中野病院と統合し、我が国4番目のナショナルセンターとなりました。国際医療協力の中心的な役割を担う施設として国立国際医療センターと改称し、諸外国で発生した災害に緊急援助隊を送るなど、世界に向けて活動していきます。
戦前からの長い歴史を有する、国府台病院と平成20年に組織統合しました。
センター病院と国府台病院、2つの病院は新しい建物に生まれ変わりました。最新の設備と優れたスタッフで我が国の臨床、研究、医療教育に貢献いたします。